Start vom Kosmodrom Baikonur; Landung 72 km nordöstlich von Arkalyk.

Nach zweitägigem Alleinflug koppelte Sojus TM-9 am 13. Februar 1990 an den Komplex Sojus TM-8-MIR-Kwant-Kwant2 an. Die Kosmonauten wurden die sechste Stammbesatzung der MIR und vollzogen einen fliegenden Wechsel mit der fünften Stammbesatzung.

Nachschub wurde mit den Transportraumschiffen Progress M-3 und 42 angeliefert (mit Nahrungsmittel-Containern aber auch den industriellen Anwendungen Krater 3, Optizon 1, Zona 02 und Zona 03). Das Modul Kristall koppelte am 10. Juni 1990 an die Orbitalstation an. Es wurde anschließend auf den Kopplungsplatz umgesetzt, der dem des Kwant2-Moduls gegenüberliegt.

Zu den Forschungsarbeiten an Bord der Raumstation gehörten Erderkundung sowie Forschungen auf den Gebieten der Medizin, Materialwissenschaft, Biologie, Astronomie und Raumfahrttechnologie. So begann man mit der kommerziellen Produktion von Kristallen höchster Reinheit für eine US-amerikanische Elektronikfirma. Ebenfalls gewinnbringend (ca. 25 Millionen Rubel) war die Herstellung von Proteinen.

Am 17. Juli 1990 wurde eine EVA (7h 16m) von den Kosmonauten zur Reparatur des Raumschiffes Sojus TM-9 (drei Isolationsbleche waren um 60° - 90° aufgebogen) durchgeführt. Dabei gab es Probleme durch die Beschädigung der Luke von Kwant2. Die Luke konnte nicht geschlossen werden. So musste der Wiedereinstieg über eine Schleuse im Basisblock des Kwant-Moduls vorgenommen werden. Auch ein zweiter Reparaturversuch am 26. Juli 1990 mittels nochmaliger EVA (3h 31m) misslang.