Start von Cape Canaveral (KSC); Landung auf Cape Canaveral (KSC). Wegen technischer Probleme wurde ein erster Startversuch am 01. Dezember 1998 abgesagt.

Bei STS-88 handelte es sich um den ersten Aufbau-Flug für die ISS (ISS-01-2A). In der Ladebucht der Raumfähre befand sich mit Unity das erste Verbindungsmodul der Raumstation nebst zweier Kopplungsadapter (PMA-1 und PMA-2). Kurz nach dem Start am 04. Dezember 1998 um 08:35 UTC wurden die drei miteinander verbundenen Teile mit dem Manipulatorarm aus der Ladebucht heraus gehoben und auf den Kopplungsadapter der Raumfähre gesetzt. Diese näherte sich währenddessen dem bereits am 20. November gestarteten Modul Sarja. Aus etwa zehn Metern Entfernung wurde es am 06. Dezember 1998 vom Greifarm der Raumfähre erfasst und auf den zweiten Kopplungsadapter von Unity gesetzt.

Danach führten Jerry Ross und James Newman zwei EVAs zur Verkabelung der beiden Bauteile am 07. Dezember 1998 (7h 21m) und 09. Dezember 1998 (7h 2m) durch. Außerdem wurden mehrere Kommunikationsantennen befestigt und angeschlossen. Schließlich wurde eine Antenne am Sarja-Modul, die zu einem automatischen Rendezvoussystem gehört, vollständig ausgeklappt. Anschließend wurde die Stromversorgung zwischen Sarja und Unity aktiviert. Ein Druckausgleich war bereits vorher durchgeführt worden.

Erst danach erfolgte die Inbetriebnahme der Raumstation ISS durch Robert Cabana und Sergej Krikaljow. Eine dritte und letzte EVA durch Jerry Ross und James Newman wurde am 12. Dezember 1998 (6h 59m) unternommen, bei der nochmals die Kabelverbindungen überprüft und verbessert wurden. Außerdem wurde die Außenhaut beider Module aus verschiedenen Positionen fotografiert. Dabei wurde vor allem darauf geachtet, ob die Markierungen für das Space Vision System gut erkennbar waren. Alle Aktivitäten wurden auch von einer großformatigen IMAX-Kamera gefilmt. Daneben testeten sie die SAFER-Notrettungs-Rucksäcke. Auch die zweite Antenne des russischen Navigationssytems Kurs konnte manuell vollständig ausgefahren werden.

Im weiteren Verlauf des Fluges wurde der kleine argentinische Test-Satellit SAC-A (Satelite de Aplicaciones/Cientifico) ins All ausgesetzt. In die Erdumlaufbahn ausgesetzt wurde auch MightySat, ein militärischer Erprobungssatellit der US-Luftwaffe. Der 320-Kilogramm-Trabant diente ebenfalls der Erforschung neuer Technologien für die Raumfahrt.