Start vom Kosmodrom Baikonur. ISS Expedition 48 / 49. Landung 155 km südöstlich von Dshekasgan.

Nach etwa zweitägigem Alleinflug koppelte Sojus MS am 09. Juli 2016 an die ISS an. Anatoli Iwanischin, Takuya Onishi und Kathleen Rubins bildeten die ISS Expedition 48 (zusammen mit den ISS Expedition 47 Crewmitgliedern Alexej Owtschinin, Oleg Skripotschka und Jeffrey Williams). Mit der Ankunft von Sojus MS wurde die Stammbesatzung wieder auf sechs Personen aufgestockt.
Während des zweitägigen Fluges von Kosmodrom Baikonur zur Internationalen Raumstation unterzog die Besatzung alle Systeme des überarbeiteten Raumschiffs Sojus MS eingehenden Tests. Das modifizierte Sojus-Raumschiff verfügt über verbesserte Triebwerke einschließlich eines Reservesystems, zusätzlichen Schutzschilden gegen Mikrometeoriten, elektrische Ersatzmotoren für das Sojus-Kopplungssystem und durch Erhöhung der Solarzellen eine höhere Energieversorgung.

In ihren Raumanzügen hatten die Kosmonauten für die Rückkehr zur Erde ihre Plätze im Landemodul eingenommen, nachdem sie die Luke zur Orbitalsektion geschlossen hatten. Dann richteten sie das Raumschiff so aus, das die Triebwerke des Geräteteils in Flugrichtung zeigten. Diese wurden kurz darauf für 105,6 Sekunden gezündet und leiteten den Abstieg zur Erdoberfläche ein. Im nächsten Schritt erfolgte das planmäßige Abtrennen der Orbitalsektion und des Geräteteils, die beide in der Erdatmosphäre verglühten. Das verbleibende Landemodul wurde so ausgerichtet, dass der Eintrittswinkel für eine möglichst genaue Landung in Kasachstan erreicht wurde. Nach dem Eintritt in die Erdatmosphäre brach der Funkkontakt wegen der heißen Plasmagase rund um die Kapsel ab. Dann löste sich der Deckel des Fallschirmbehälters und der Bremsfallschirm wurde ausgestoßen. Nachdem auch der Hitzeschutzschild abgetrennt worden war, schwebte die Sojus an ihrem Hauptfallschirm Richtung Erdboden. Kleine Feststoff-Bremsraketen, die kurz vor dem Berühren des Bodens ausgelöst worden waren, verminderten die Aufprallgeschwindigkeit. Sofort nach der erfolgreichen Landung wurden die Fallschirmleinen gekappt, damit die Kapsel nicht durch den Wind über den Boden gezogen werden konnte. Nach der Landung gehört es zum Ritual, dass die Kosmonauten das Raumschiff mit ihrer Unterschrift versehen.