Start vom Kosmodrom Baikonur. Landung 32 km südöstlich von Dsheskasgan.

Es sollte der 56. Besuch eines Sojus-Raumschiffs an der ISS (Expedition 57) und der 162. Flug im Sojus-Programm werden. Jedoch musste der Flug nach 121,57 Sekunden wegen eines Problems bei der Stufentrennung der Booster abgebrochen werden. Das Raumschiff mit einem Kosmonauten und einem Astronauten an Bord konnte nach einem ballistischen Flug erfolgreich notlanden. Die beiden Raumfahrer konnten bei guter Gesundheit geborgen werden. Es war der erste Unfall in großer Höhe seit 43 Jahren. Damals war eine Notlandung von Sojus 18A erforderlich.

Beim Abstieg zur Erdoberfläche waren Alexej Owtschinin und Nicholas Hague einer Belastung von 6,7G ausgesetzt (nach anderen Quellen 8G).

Ein defekter Sensor, der die Abtrennung der ersten von der zweiten Sojus-FG-Raketenstufe signalisiert, habe zu dem Fehlstart geführt, teilte der Amtierende Direktor für die bemannten Programme des Raumfahrtstaatskonzerns GK Roskosmos, Sergej Krikaljow am 31. Oktober 2018, mit. Durch den Sensorschaden sei einer der vier Seitenbooster der ersten Stufe bei der Abtrennung nicht weit genug von der Rakete entfernt worden und mit dem Tank der Zweitstufe kollidiert.

In einer Pressekonferenz am 01. November 2018 gab Roskosmos die Ergebnisse der Arbeit der Staatskommission zur Ermittlung der Ursachen der Notsituation die am 11. Oktober 2018 während des Starts des Trägerrakete Sojus-FG mit dem bemannten Raumschiff Sojus MS-10 bekannt.
Der Start endete mit dem Verlust der Trägerrakete aufgrund der abnormalen Trennung eines der vier Seitenblöcke (Block "D"), der mit dem Zentralblock (Block "A") kollidierte, die Tanks des Zentralblocks (Block "A") beschädigte und folglich zum Totalverlust der Trägerrakete führte.
Der Grund für die abnormale Trennung ist das Versagen eines Sensors der beim Zusammenbau der Trägerrakete nicht mit den vorgeschriebenen Werkzeugen und daher fehlerhaft montiert wurde - es besteht kein konstruktiver Mangel, der Fehler lag eindeutig in der fehlerhaften Montage. Der Sensor war durch die fehlerhafte Montage um 6°45' verbogen. Der Sensor ist für die Abtrennung der ersten von der zweiten Stufe der Sojus-FG-Trägerrakete zuständig. Durch die Deformierung hat sich die Abdeckung der Düse, die für die Wegführung des Tanks des Blocks D von der Rakete sorgen sollte, nicht geöffnet.
Das automatische Notfallsystem reagierte sofort und absolut fehlerfrei wodurch die Mannschaft in Sicherheit gebracht werden konnte.
Gleichzeitig genehmigte die Staatskommission die Starttermine für das weitere Programm der Internationalen Raumstation: Am 16. November 2018 wurde eine Trägerrakete Sojus-FG mit dem Transportraumschiff Progress MS-10 und am 03. Dezember 2018 wurde eine Trägerrakete Sojus-FG mit dem bemannten Raumschiff Sojus MS-11 erfolgreich gestartet.