Start vom Kosmodrom Baikonur. ISS Expedition 39 / 40. Landung 149 km südöstlich von Dshekasgan.

Sojus TMA-12M startete mit dem Ziel einer Ankopplung an die Internationale Raumstation im "Express-Modus", also nach sechs Stunden oder vier Erdumläufen. Die beiden ersten Triebwerkszündungen hierfür wurden ordnungsgemäß durchgeführt. Die dritte Zündung fand vermutlich wegen unkorrekter Bahndaten nicht statt. Die russischen Flugkontrolleure entschieden sich daraufhin für den traditionellen Anflug über einen Zeitraum von zwei Tagen.

Nach zweitägigem Alleinflug koppelte Sojus TMA-12M am 27. März 2014 an die ISS an. Alexander Skworzow, Oleg Artjemjew und Steven Swanson bildeten die ISS Expedition 39 (zusammen mit den ISS Expedition 38 Crewmitgliedern Michail Tjurin, Richard Mastracchio und Koichi Wakata).

In ihren Raumanzügen hatten die Kosmonauten für die Rückkehr zur Erde ihre Plätze im Landemodul eingenommen, nachdem sie die Luke zur Orbitalsektion geschlossen hatten. Dann richteten sie das Raumschiff so aus, das die Triebwerke des Geräteteils in Flugrichtung zeigten. Diese wurden kurz darauf für 105,6 Sekunden gezündet und leiteten den Abstieg zur Erdoberfläche ein. Im nächsten Schritt erfolgte das planmäßige Abtrennen der Orbitalsektion und des Geräteteils, die beide in der Erdatmosphäre verglühten. Das verbleibende Landemodul wurde so ausgerichtet, dass der Eintrittswinkel für eine möglichst genaue Landung in Kasachstan erreicht wurde. Nach dem Eintritt in die Erdatmosphäre brach der Funkkontakt wegen der heißen Plasmagase rund um die Kapsel ab. Dann löste sich der Deckel des Fallschirmbehälters und der Bremsfallschirm wurde ausgestoßen. Nachdem auch der Hitzeschutzschild abgetrennt worden war, schwebte die Sojus an ihrem Hauptfallschirm Richtung Erdboden. Kleine Feststoff-Bremsraketen, die kurz vor dem Berühren des Bodens ausgelöst worden waren, verminderten die Aufprallgeschwindigkeit. Sofort nach der erfolgreichen Landung wurden die Fallschirmleinen gekappt, damit die Kapsel nicht durch den Wind über den Boden gezogen werden konnte. Nach der Landung gehört es zum Ritual, dass die Kosmonauten das Raumschiff mit ihrer Unterschrift versehen.