Start von Cape Canaveral (KSC); Landung auf der Edwards AFB. Der Start war zuerst für den 19. November 1991 geplant gewesen, wurde aber wegen eines defekten Trägheitssensors der Antriebsstufe eines Defense Support Program Satelliten (DSP) verschoben. Die Einheit wurde ausgetauscht und getestet, der Start anschließend für den 24. November 1991 neu angesetzt. Er musste nochmals um 13 Minuten verschoben werden, um einem Raumschiff im Orbit den sicheren Vorbeiflug zu erlauben und um den externen Flüssigsauerstofftank voll zu tanken.

STS-44 war eine weitere Mission für das Department of Defense (US-Verteidigungsministerium). Die nicht geheime Nutzlast enthielt den Defense Support Program Satelliten und dessen Inertial Upper Stage (IUS), welcher am ersten Flugtag ausgesetzt wurde. Der Satellit ist etwa 9,80 m lang und hat einen Durchmesser von etwa 4,20 m. Weitere Nutzlasten in der Nutzlastbucht und im Mitteldeck waren Interim Operational Contamination Monitor (IOCM), Terra Scout, Military Man in Space (M88-1), Air Force Maui Optical System (AMOS), Cosmic Radiation Effects and Activation Monitor (CREAM), Shuttle Activation Monitor (SAM), Radiation Monitoring Equipment III (RME III), Visual Function Tester-1 (VFT-1) zum Testen des Sehrvermögens im All, Ultraviolet Plume Instrument (UVPI), Bioreactor Flow and Particle Trajectory Experiment und Extended Duration Orbiter Medical Project.

Ein sogenanntes "COLA"-Manöver, um der Startrakete von Kosmos 851 auszuweichen, war erforderlich. Die Landung war eigentlich für den 04. Dezember 1991 auf dem Kennedy Space Center geplant gewesen, wurde jedoch auf den 30. November 1991 vorverlegt und zur Edwards AFB geführt, nachdem ein Fehler in einem der drei Trägheitssensoren (IMU-2 = Inertial Measurement Unit) des Orbiters festgestellt worden war.