Start vom Jiuquan Satelliten Startzentrum; Landung in der Wüste Gobi in der zentralen Inneren Mongolei (nahe der Siedlung Hongger, 60 km nördlich der Stadt Wulanha, der Hauptstadt von Siziwang Banner in der Amugulang-Steppe).

Shenzhou VI war der zweite bemannte Raumflug Chinas. Die Mannschaft führte mehrere wissenschaftliche Experimente durch. So wurden der menschliche Herzmuskel und die Knochenzellen untersucht, digitale Fotos von der Erdoberfläche gemacht, aber auch Modifikationen am Raumschiff getestet. Außerdem wurden erstmals Video-Aufnahmen aus einem chinesischen Raumschiff zur Erde gesandt.

Alle geplanten Experimente und Notfallübungen wurden wie vorgesehen durchgeführt. Die interne Tür des Raumschiffs wurde geöffnet und wieder geschlossen, die Taikonauten wechselten zwischen dem Orbitalmodul und dem Rückkehrmodul, erprobten ihre Raumanzüge und testeten das System zur Extrahierung des Kondenswassers. Während der Übungen wurden Extremereignisse simuliert, um die Auswirkungen der Reaktionen auf das Raumschiff zu überprüfen. Die Resultate ergaben, dass Shenzhou VI während aller angenommen Störfälle seine Funktionstüchtigkeit beibehielt. Die Körperfunktionen beider Taikonauten zeigten Normalwerte, die Systeme des Raumschiffs bestanden alle Tests und funktionierten ohne Probleme.

Shenzhou VI bestand aus einem Rückkehrmodul und einem Orbitalmodul. Während das Rückkehrmodul nach Ende der eigentlichen Mission nach fünf Tagen wieder auf die Erde zurückkehrte, blieb das Orbitalmodul weiter in der Umlaufbahn, um weitere Tests und Experimente durchzuführen. Die Ergebnisse sollen in die Entwicklung und in das Design der geplanten chinesischen Raumstation einfließen, die zwischen 2009 und 2012 errichtet werden soll.